一、雏鸡消化道菌群与肠道健康
雏鸡出壳前其消化道是无菌的，出壳后约1小时，就可在嗉囊、腺胃中检测出细菌。随后出现细菌的大量繁殖。在需氧及兼性厌氧菌大量繁殖后，出现厌氧菌的繁殖高峰，最后达到一个动态平衡。正常菌群在雏鸡消化道完成定植过程需30天左右。
禽类肠道某些区域的微生物数量，每克粪便可超过1000亿，雏鸡消化道主要正常菌群定植后，主要部位的优势菌群有：嗉囊、腺胃、十二指肠为乳酸杆菌和肠球菌，空肠为双歧杆菌、乳酸杆菌、真杆菌，盲肠为双歧杆菌、真杆菌、消化球菌、大肠杆菌，直肠为双歧杆菌。另据报道，雏鸡出生后48-60小时，嗉囊、十二指肠中乳酸杆菌急增成为优势菌群，而小肠中段和盲肠较低，7日龄后，乳酸杆菌在整个小肠形成优势，到16日龄形成菌群平衡。盲肠从16-25日龄形成菌群优势，达到菌群平衡。
乳酸杆菌、双歧杆菌等有益菌产生的乳酸及其它代谢产物能降低胃肠pH值，抑制肠道病原微生物的增殖，改善鸡体内环境，提高饲料转化率。用乳酸杆菌、枯草芽孢杆菌等有益菌治疗因菌群失调引起的各种下痢有良好效果。
微生物及其它代谢产物对雏鸡消化道长度没有影响，但能使肠壁厚度增加，增加肠绒毛的完整性，增加固有膜伸延到肠绒毛中央，淋巴组织增加，肠粘膜和粘膜下层的网状内皮细胞数量增加，提高绒毛高度与隐窝深度（V/C）比值。从而增强肠粘膜抗感染能力和免疫应答力。
大量的临床数据及试验研究表明，滥用抗生素，及长时间的低剂量添加抗生素，会降低肠道有益菌数量，抑制肠道绒毛的发育完整性，肠壁厚度偏薄，并对机体免疫力产生负面的影响。采用微生态制剂，不仅保持雏鸡消化道正常菌群平衡，还有利于雏鸡正常生长发育。
二、雏鸡酶系统与肠道健康
初生雏鸡的小肠淀粉酶、胰蛋白酶、胰脂肪酶和糜蛋白酶分泌较少。5日龄后，小肠淀粉酶和胰蛋白酶方能达到较高水平。鸡的消化道无纤维酶，故雏鸡不能消化利用纤维素。高效的益生菌和复合酶制剂（PS酶）有利于雏鸡消化吸收，减轻高营养水品和过快生长带来的压力，促进肠道健康发育。
依据建明在酶制剂上的使用体验，在鸡群出现明显的饲料便等消化不良症状时，添加复合酶制剂（PS酶），可以明显减少粪便中不消化的饲料颗粒。经过实验室分析粪便中干物质含量表明，使用复合酶制剂的鸡群粪便中干物质明显低于为添加的鸡粪便。
三、雏鸡免疫系统与肠道健康
家禽没有淋巴结，淋巴滤泡广泛分布于家禽消化道系统，所以消化道黏膜是家禽最大的天然保护系统，任何肠道的损伤、坏死、黏膜脱落等疾病都对家禽的免疫系统有负面影响。发育良好的肠道黏膜是健全免疫的基础。在雏鸡免疫系统发育直至成熟的过程中，如何保证肠道健康，刺激免疫器官及细胞的发育才是养殖关键所。
据相关研究表示，初生雏鸡的免疫器官发育未成熟，70日龄左右，相关免疫器官发育达到顶峰，免疫细胞的免疫应答达到成熟，免疫接种才能产生好的免疫效果。鸡新城疫首次免疫是动员抗体形成，首免的目的是让更多的免疫细胞参与基础免疫，雏鸡眼后的哈氏腺集中了众多的免疫细胞，故首次免疫应采用点眼。据报道，鸡新城疫首次免疫采用点眼的效力是饮水的四倍。
益生菌可以增加肠道绒毛发育的完整性，提高肠绒毛与隐窝深度的比例。益生菌在肠道内定植，合成大量酶类、维生素类等物质，促进机体免疫器官的发育和机能发挥，使脾脏和胸腺中T细胞免疫应达增强。益生菌菌体的肽聚糖和脂多糖等成分以免疫佐剂形式作用于机体免疫器官，促进机体的免疫反应，所以当雏鸡饲喂益生菌后，机体处于高水平免疫反应状态。益生菌还可以促进白介素2基因表达，增加白介素2的合成分泌，白介素2的大量分泌可以作用T细胞自身的调节物，促进T细胞增殖、分化及细胞因子的产生。胸腺中含有大量T细胞，所以饲喂益生菌，胸腺中T细胞增殖效果更加明显。另外据建明研究表明，饲喂枯草芽孢杆菌（克洛生）还可以提高雏鸡法氏囊指数，提高法氏囊中杀伤性T淋巴细胞数量，提升30日龄后新城疫抗体滴度水平。
依据建明多年来益生菌的使用体验，在没有疫情的季节，分别在饲料中饲喂促生长抗生素和枯草芽孢杆菌制剂（克洛生），在成活率和出栏体重方面没有差异，但是饲喂枯草芽孢杆菌的鸡群，料肉比明显低于促生长抗生素的鸡群。在疫情高发的冬、春季节，饲喂枯草芽孢杆菌（克洛生）的鸡群，后期的成活率明显高于饲喂促生长抗生素的鸡群。养殖过程中疫情的发生在所难免，但是疫情发生有一定规律性：总是由点及面，具备明显的地理区域性。影响疫情发展及愈后的关键点是鸡群免疫系统，发育良好的免疫系统可以明显降低混合感染的发生程度，降低死淘率，提高疫情鸡群的愈后效果。
肠道健康与肠道菌群平衡，与酶系统完善，与养殖成活率等等似乎没有直接关系，但事实却有着更深层次的密切联系。一切有利于肠道黏膜发育的添加剂都是未来健康养殖的首选，该领域也是未来提升畜牧生产效率的焦点。